生信小白的RNA-seq实战历程 / 开普饭

任务学习了解各个reads计数,及标准化的原理,如RPKM/FPKM/TPM的统计学原理: 了解reads计数的各个软件,用入门的htseq-count软件对每个样本内生成关于表达量的文件: 用脚本 ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

Harvard FAS Informatics出品的ATAC-seq测序指南 github链接:harvardinformatics/ATAC-seq 参考文献:ATAC-seq: A Method ...

生科云网址:https://www.bioincloud.tech 本文由微科盟phage根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 微科盟原创微文,欢迎转发转载,转载须注明来源<微生态>公众 ...

GEPIA, 全称GeneExpression Profiling Interactive Analysis.这个数据库是2017年7月由北京大学张泽民教授团队的唐泽方等人通过 R .Perl等语言对 ...

准备工作 1. 安装conda 推荐使用偷懒方法,比如安装miniconda软件,下载地址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/minicond ...

WES就是通常我们说的全外显子测序,已经逐步应用到医疗领域了!本次例子的测试数据就是一个自闭症家系的全外显子测序数据结果,我本来雄心勃勃的想帮助他解决病因的问题,后来发现我还是太嫩了,只是会一点数据分 ...

这个实例上部分包括: 如何用R包下载GEO数据(只限单一平台,其余平台需要修改下面的代码) 如何对GEO的芯片数据归一化并且得到表达量矩阵, 如何用limma包做差异分析, 对找到的差异基因如何做GO ...

转录组如果只看表达量真的是超级简单,真是超级简单,而且人家作者本来就测是SE50,这种破数据,也就是看表达量用的! 首先作者分析结果是: 数据在GEO地址是:https://www.ncbi.nlm. ...

本次讲解选取的文章是为了探索PRC1,PCR2这样的蛋白复合物,不是转录因子或者组蛋白的CHIP-seq,请注意区别! 这是一个系列帖子,你可以先看: 一个表达芯片数据处理实例一个RNA-seq实战 ...

表观遗传畸变在肝细胞癌(HCC)的发生和发展中起着重要作用,但目前尚不清楚N6-甲基腺苷(m6A)修饰相关基因表达的变化及其在肝癌进展中的作用.在本研究中,作者全面分析了605个HCC样品的m6A调节 ...

我前面写到了生信分析人员如何入门linux和perl,后面还会写R和python的总结,但是在这中间我想插入一个脚本实战指南.其实在我前两篇日志里面也重点提到了学习编程语言最重要的就是实战了,也点出了 ...

有很多网友想看好发的低分的对纯生信友好的期刊,现在总结一下: 1.Med Sci Monitor 影响因子:1.918 审稿周期:1个月左右(审稿周期非常短,审稿速度极快) OA期刊:需要收取版面费 ...

生信小白的RNA-seq实战历程