基于测序数据的m6A数据库 / 开普饭

②生物信息分析流程 (1)数据质控: (2)peak鉴定(peak calling)及diff peak分析:基于m6A-seq(IP,抗体富集后获取的测序数据)和RNA-seq(input)测序数据 ...

2021年国家自然科学基金结果出炉在即,首先预祝各位老师申请的本子都中标. 回顾过往十年,RNA甲基化修饰一直是国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域,其中m6A更是占据其中大半江山.那么究竟什么是 ...

我在我在04-转录组笔记推文任务列表(半年期)里面安排了6个经典综述和10篇转录组应用文献给大家,可惜愿意沉下心了认真苦学的并不多.(https://share.mubu.com/doc/14uneH ...

m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式,它普遍存在于病毒和真核生物中.MeRIP-seq(高通量测序法)作为m6A修饰的检测方法,其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在:能够明确每个基因的 ...

编译:东方不赢,编辑:Tracy.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读目前尚没有全面方法以单碱基分辨率鉴定单个转录物N6-甲基腺苷(m6A),但这对于估算m6A丰度又很重要,因此本文中研究者开发 ...

技术路线分析内容

大家可以收藏一下. 数据库介绍 RNA-Seq Atlas - 通过下一代测序在正常组织中进行基因表达谱分析的参考数据库 RNA-Seq Atlas是一个基于网络的RNA-Seq基因表达谱和查询工具库 ...

但很多粉丝留言表示这些英文教程看不懂,数据也很分散,没有中文解说实在是很难跟下来,希望我们出一个手把手系列教程. 这个全套 MeRIP-seq 图表复现代码在GitHub:https://github ...

m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺苷)是真核生物中最常见最丰富的RNA修饰,作为一种可逆修饰,RNA既可以在甲基化转移酶METTL3/14 等酶的作用下发生m6A甲基化修饰,又可 ...

普通小麦是一个由三个密切相关的亚基因(AABBDD)组成的异源六倍体.它被认为起源于两次多倍化事件:第一次是野生四倍体小麦(AA)与未发现的节节麦谱系(BB)杂交形成的四倍体,距今约50万年;第二次是 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 DDBJ(DNA Data Bank of Japan)是与NCBI的GenBank,EMBL的EBI数据库齐名的世 ...

本文由Bayegy根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读明明测了100000条序列,为什么我用dada2得到的OTU丰度只有8000?是人性的扭曲还是道德的沦丧? ...

长期更新列表: 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的必须神器 IGV 资料大全,含视频生信技巧第5课-生信人必须安装的软件不知不觉就第 ...

原文见:使用aspera从EBI下载fastq数据,抛弃NCBI的SRA数据库吧! 其它sra数据库见: 不止是NCBI的SRA可以下载测序数据下载sra数据库文件不仅仅是prefetch那么简单了 ...

四年前我写过介绍GEO和SRA数据库的推文 : 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够其实就是耗费一点时间去摸索如何在这两个数据库里面查询下载自己感兴趣的文章的数据.注 ...

最近有两年前的学生过来寻求合作,让我想想给我tcga数据库过万病人的原始测序数据我可以做什么方法学的创新.我想把这个问题抛给粉丝 tcga数据库的原始测序数据假设给你tcga数据库过万病人的原始测序 ...

是时候把生信技能树的舞台交给后辈! 粉丝来稿作者:黑川五郎写在前面单细胞转录组以10X公司为主流,单细胞天地公众号详细介绍了cellranger流程,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一 ...

通常情况下,我们的原始测序数据会上传到NCBI的SRA数据库,自然就在EBI备份了.需要熟悉GEO和SRA数据库: 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够一般来说,NC ...

基于测序数据的m6A数据库