dbGaP数据库的测序数据当然是可以申请成功的 / 开普饭

近几年来,免疫治疗已经成为肿瘤治疗领域一项革命性的治疗手段[1].不过,大量的临床实践证明并不是所有的肿瘤患者都会对免疫治疗产生应答,这种现象主要与肿瘤抗原水平和T细胞数量(免疫浸润程度)有关[2]. ...

Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cell ...

目前已有的单细胞数据库中,SCDevDB专注的是人不同发育通路的单细胞基因表达谱,JingleBells提供有关免疫相关数据集的scRNA-seq BAM文件,SCPortalen集成了单细胞宏数据, ...

转录组测序(RNA-Seq)是当下生物医学科研领域的热点技术,在SCI论文中频频亮相.但是无论是以RNA-Seq为试验主体的论文,还是以RNA-Seq为分析辅助手段的论文,在发表之前总是绕不开一个问题 ...

北京时间 3 月 26 日,<自然>在线发表了浙江大学医学院郭国骥团队题为"Construction of a Human Cell Landscape at Single-ce ...

一.单细胞single cell RNA-seq简介 1.Bulk RNA-seq(大量RNA-seq) Measures the average expression level for each ...

miRNA作为ncRNA的一类.其主要发挥功能的主要方式是通过和基因形成双向互补链进而来影响基因的表达.因此通过miRNA和基因序列是否互补就可以遇到miRNA可能的靶基因了.这个基本上就是经典的预测 ...

作为细胞异质性研究的重要工具,单细胞转录组测序技术近年来蓬勃发展,积累了大量研究数据.Cell BLAST是一个自带高质量参考数据库的scRNA-seq数据检索/注释工具.这个网站由北京大学的研究团队 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 DDBJ(DNA Data Bank of Japan)是与NCBI的GenBank,EMBL的EBI数据库齐名的世 ...

长期更新列表: 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的必须神器 IGV 资料大全,含视频生信技巧第5课-生信人必须安装的软件不知不觉就第 ...

原文见:使用aspera从EBI下载fastq数据,抛弃NCBI的SRA数据库吧! 其它sra数据库见: 不止是NCBI的SRA可以下载测序数据下载sra数据库文件不仅仅是prefetch那么简单了 ...

四年前我写过介绍GEO和SRA数据库的推文 : 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够其实就是耗费一点时间去摸索如何在这两个数据库里面查询下载自己感兴趣的文章的数据.注 ...

最近有两年前的学生过来寻求合作,让我想想给我tcga数据库过万病人的原始测序数据我可以做什么方法学的创新.我想把这个问题抛给粉丝 tcga数据库的原始测序数据假设给你tcga数据库过万病人的原始测序 ...

是时候把生信技能树的舞台交给后辈! 粉丝来稿作者:黑川五郎写在前面单细胞转录组以10X公司为主流,单细胞天地公众号详细介绍了cellranger流程,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一 ...

以前在<生信技能树>(才发现居然已经是 2019-08-22的事情了)我们介绍过中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发的原始组学数据归档库GSA (Genome Sequence ...

基本原理讲解随着测序技术的发展,我们可以通过二代测序的技术来预测m6A.关于m6A测序的技术叫做meRIP-seq,这个测序结果的分析,类似于chip-seq,最后我们可以获得一种叫做peak的文件 ...

普通小麦是一个由三个密切相关的亚基因(AABBDD)组成的异源六倍体.它被认为起源于两次多倍化事件:第一次是野生四倍体小麦(AA)与未发现的节节麦谱系(BB)杂交形成的四倍体,距今约50万年;第二次是 ...

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