生物信息学入门使用 RNAseq counts数据进行差异表达分析（DEG） / 开普饭

前面我们在生信技能树系统性介绍了大量RNA-seq相关背景知识,以及表达矩阵分析的一般流程 RNA-seq这十年(3万字长文综述) RNA-seq的counts值,RPM, RPKM, FPKM, T ...

任务载入表达矩阵,然后设置好分组信息用DEseq2进行差异分析,也可以走走edgeR或者limma的voom流程基本任务是得到差异分析结果,进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点. 了解差异基因 ...

书接上文,gsva后续的处理很简单,如果熟悉差异基因分析包limma的话,更是简单.之前我们得到的gsva分数的矩阵就类似于基因表达矩阵,按照这个思路继续往下即可: 从通路的表达矩阵开始,我们进行差异 ...

rm(list = ls()) ## 魔幻操作,一键清空~ options(stringsAsFactors = F)#在调用as.data.frame的时,将stringsAsFactors设置为 ...

于是,TBtools - RNAseq 全家桶到位! 写在前面很久很久以前,TBtools 解决了 RNAseq 数据分析中几个常见问题: 基因功能注释,NR,SWISSPROT,GO注释等基因集 ...

利用R包DEseq2进行差异表达分析和可视化 count数矩阵差异分析 1. 安装并载入R包 2. count数矩阵导入并对矩阵进行数据处理 3. 查看样本相关性并采用热图展示 4. hclust对 ...

我本身是不喜欢把差异分析这种需求包装成软件的,甚至它都算不上软件.当然,我也很不太喜欢写软件(需要考虑太多的用户意外),不过,总有一天我还是得面对.为什么让大家试一下我的 `差异分析软件` ,其实是想 ...

小勤:数据透视表真是好用,但是,现在好像都只能从一个角度分析,要多个角度交叉分析怎么办?上次刁总就提到了对比各地区不同品类的毛利情况,这样就能看出各区域品类的毛利对比情况. 大海:你刚试了将某个分析角 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

============================================ 写在前面:可以参考另外一篇<得到差异基因后怎么做?> ====================== ...

会议时间:2021/03/17 19:30-21:30 (GMT+08:00) 点击链接入会,或添加至会议列表:https://meeting.tencent.com/s/H9goXk0EWnqO 会 ...

随着单细胞测序技术的流行,我们对复杂疾病和性状的理解从patient,tissue的表达谱(bulk RNA-seq)到单个细胞的表达谱(single cell RNA-seq).究其原因,在于bul ...

写在前面课题组目前做一些基因组相关工作.了解基因组的朋友应该明白,基因结构注释错误几乎遍布所有基因组,包括我们目前看到的大多数即使是发表在顶级期刊的工作.生物是复杂的,而算法是存在局限的.所以人工矫 ...

"零基础写作,年入20万"."空闲时间写作,月入10万"."每天30分钟,21天靠写作月入5万"-- 现在打开微信,我们总看到很多吸引大家去 ...

● 本技巧的目的:定位到指定行或者列中的最后一个非空单元格. ● 这个技巧非常重要,在 Excel 操作中是否经常会遇到这样的情景,需要把单元格快速移动到本行或者本列的最后一个有数据的单元格呢?在 ...

在之前介绍[[RNA-seq相关内容介绍]]的视频当中,作者提到了一个用来分析 RNA-seq 差异表达分析的工具.DEApp: https://yanli.shinyapps.io/DEApp/ . ...

生物信息学入门 使用 RNAseq counts数据进行差异表达分析（DEG）