单细胞转录因子分析之SCENIC流程 / 开普饭

基因转录的过程当中,基因由DNA转录成mRNA的过程受到很多因素的调控.其中就包括了转录因子的调控.转录因子调控的一个主要的过程是转录因子和基因启动子区进行结合进而来对其表达进行调控.由于每个转录因子 ...

本来是想测试一下,使用pyscenic做转录因子分析,然后记录笔记给大家!所以就有了昨天的:使用pyscenic做转录因子分析,但实际上我在里面埋下了一个伏笔,就是使用conda安装的这个pyscen ...

单细胞进阶分析主要是拟时序分析,细胞通讯分析,以及SCENIC转录因子分析.但实际上随着越来越多单细胞研究从CNS正刊跌落到CNS子刊,再到普通的数据挖掘文章,所谓的进阶分析也要沦落为标准分析啦. 不 ...

编译:不二,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读哺乳动物的大脑很复杂,拥有多种不同的细胞类型及不同的功能,但是每种细胞类型对衰老的影响仍然未知.研究者对年轻小鼠和老年小鼠的大脑进行了 ...

去年我们在<生信技能树>公众号带领大家一起学习过:SCENIC转录因子分析结果的解读 ,而且前些天我给了一个单细胞转录因子分析之SCENIC流程:,但是单细胞各种交流群很多朋友反映自己f ...

新课发布在B站了,马上有热心的粉丝看完后写了配套笔记: 下面是粉丝linbo的笔记投稿前言自学生信半载有余,跌跌撞撞,不敢和大佬同称萌新,勉强算得上菜鸡.根据课题组进展,马上要接手一个单细胞课题, ...

实战演练理论知识学再好,能付诸实践灵活运用才行,所以我们常强调知行合一,实践出真知.实战演练这个栏目就是带大家从头到尾完整复现单细胞文献分析流程.好了,干货多,屁话少,我们来看实战流程. 希望大家能 ...

前些天我在生信技能树介绍过star-fusion:最好用的融合基因查找工具终于正式发表了 ,然后在另外一个教程:一个好像没有做任何改变的参数提到了目前大量的单细胞转录组数据出来了,却没有一个文章去探 ...

前言单细胞数据目前除了10x的测序数据,还有相当一部分是drop-seq的测序数据.笔者在GEO上下载了一批drop-seq的数据,在网上查找了一下没有找到详细的分析流程,想到有些大神封装好的分析流 ...

单细胞转录因子分析之SCENIC流程