太猛了！万字长文单细胞分析全流程讲解，看完就能发文章！建议收藏！（附代码） / 开普饭

系列目录 2019-10.预测BRCA基因功能缺陷的HRDetect基因集(逆向收费读文献) 2019-11 BRCA的甲基化信号分型(逆向收费读文献2019-11)赠送一篇文章思路 2019-12 ...

绘制FeaturePlot时,遇到基因在所有细胞中表达水平相同展示效果不理想的情况,本文引入函数tryCatch()旨在解决上述问题,并将警告信息保存到日志文件中便于后续追踪. 1 加载R包 libr ...

考虑到咱们生信技能树粉丝对单细胞数据挖掘的需求,我开通了一个专栏<100个单细胞转录组数据降维聚类分群图表复现>,也亲自示范了几个,不过自己带娃,读博,时间精力有限,所以把剩余的90多个任 ...

一般来说单细胞表达量矩阵都是以基因为单位,我们可以很容易走常规的降维聚类分群并且合理的进行生物学命名,比如我们对官方 pbmc3k 例子,跑标准代码: library(Seurat) # https: ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 使用AUCell识别单细胞rna数据中具有活性&q ...

简介Seurat是一个r包,被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析.Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源,同时提供整合不同类型的单细胞数据的函数.目前Seur ...

课程笔记粉丝:有单细胞线上课程吗? 小编:什么 ? 我们的单细胞转录组分析线上课程已经上线好久了,你们竟然都不知道吗,每篇推文后面的课程推荐没人看的吗,小编已哭晕在厕所好了,戏演完了,下面郑重介绍 ...

作者 | 单细胞天地小编刘小泽课程链接在:http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55 第二单元第8讲:细胞亚群的生物学命名上一 ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. Cell Hashing是与NYGC的技术创新小组 ...

新课发布在B站了,马上有热心的粉丝看完后写了配套笔记: 下面是粉丝linbo的笔记投稿前言自学生信半载有余,跌跌撞撞,不敢和大佬同称萌新,勉强算得上菜鸡.根据课题组进展,马上要接手一个单细胞课题, ...

与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低.当在使用其对聚类的 ...

序第三单元第十讲:使用Seurat包载入数据,创建对象 1rm(list = ls()) 2Sys.setenv(R_MAX_NUM_DLLS=999) 3## 首先载入文章的数据 4load( ...

写教程的话,我的优点仅仅是量大,坚持了七年多写了超1万篇教程.但实际上绝大部分都浮于表面,深度不够. 恰好最近看到了一个超级优秀的博客,安排了其中几篇给学徒们翻译和理解,超级值得读! 下面是七月优秀学 ...

好的颜值,人人都爱,是你接触有趣的灵魂的敲门砖.单细胞数据分析也是如此,人人都知道需要降维聚类分群. 有了好的代码,甚至非本专业的财务人员都可以复制粘贴我们写好的的代码,参考前面的例子:人人都能学会的 ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树. 生信技能树核心成员,单细胞天地特约撰稿人,简书创作者,单细胞数据科学家. Giotto|| 空间表达数据分析工具箱 ...

结业考核20题:https://mp.weixin.qq.com/s/lpoHhZqi-_ASUaIfpnX96w 课程配套资料文档在:https://docs.qq.com/doc/DT2NwV0F ...

在此,我们将合并两个 10X PBMC 数据集:一个包含 4K 细胞,一个包含 8K 细胞.数据集可以在这里[1]找到. 首先,我们在数据中读入并创建两个Seurat对象. library(Seura ...

前言最近在学单细胞测序,学习了B站生信技能树的单细胞教程,https://www.bilibili.com/video/BV1dt411Y7nn结合jimmy老师的代码,用GEO上的单细胞测序数据, ...

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

此文演示了一些与 Seurat 对象交互的功能.为了演示,我们将使用在第一个教程中创建的 2,700 个 PBMC 对象.为了模拟我们有两个复制的情景,我们将随机分配每个集群中一半的细胞自" ...

单细胞转录学改变了我们描述细胞状态的能力,但深入的生物学解释需要的不仅仅是分群.随着测量不同细胞模式的新方法的出现,一个关键的分析挑战是整合这些数据集,以更好地了解细胞身份和功能.例如,用户可以在同一 ...

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