用JBrowse搭建基因组浏览器 / 开普饭

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[软件介绍]IGV软件的安装和基本介绍 - 目录 1. IGV 下载与安装 2. Java 安装及环境变量设置 3. IGV 基本介绍 3.1 IGV 界面布局 3.2 IGV 结果界面 3.3 序列 ...

昨天,中国科学院遗传与发育生物学研究所鲁非研究组和焦雨铃研究组合作完成的研究刚在Nature genetics上发表,文中对小麦属和粗山羊草属的25个小麦近缘亚种共414份材料进行全基因组测序,构建了 ...

距离公布要带500个优秀本科生入门生物信息学的活动不到一个月,虽然真正入选不到一百,但是培养成绩喜人,出勤率接近百分之百,大部分人在短短两个星期就完成了R基础知识学习,Linux认知,甚至看完了转录组 ...

我们在之前说到过bam文件还有55G大小,这样的文件,在很多时候都不方便查看和转移.而有些时候,我们只需要我们的测序数据在全基因组的测序深度这一个值,并不需要具体某条reads的碱基序列,碱基质量值. ...

主要是上游流程,读文章拿到数据后走标准的比对流程,计算覆盖度测序深度,文章是(2020年4月份)第16周(总第112周 )- 单细胞基因组测序表明TNBC的CNV发展是爆发式的 http://www ...

首先要把bam文件根据lane的标记来拆开,前面我们提到了把bam文件根据染色体来拆开的软件是bamtools,它还可以指定 -tag RG 来把这个bam文件按照原来的测序上样品的lane给分离开( ...

最为生物信息学痴的我当然不能错过,今天终于找到了空隙时间来体验一把! 全部体验报告如下: 起初我是在windows安装这个的,因为是浏览器而已嘛下载jbrowse最新版解压,然后setup,但是lo ...

一.配置参数 UCSC基因组浏览器地址: https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=mm10&lastVirtModeType=default&a ...

# UCSC UCSC基因组浏览器是由来自和英国的多机构研究团队University of California Santa Cruz(UCSC)基因组学研究所的跨部门团队Genome Bioinfo ...

写在前面从图片来看,即小RNA的reads展示在染色体上,并用长度做可视化.这个需求,其实拿起任何一门语言,手写一个.svg就可以搞定了.只是读取read alignment数据想想比较辛苦.有比较 ...

写在前面 IGV是我认知范围内,得到最广泛使用的基因组浏览器.作为一个强大的软件,其支持各种测序数据的可视化,但对于小RNA测序数据的支持,却仍然一般.于是,我对其进行了几次小的修改,完成一个相对适 ...

如本期推文,我们开始对外共享三年多以来的部分工作成果,即 sRNAanno - 一个植物小RNA注释数据库 ( www.plantsRNAs.org ).在这个数据库中,用户可以但不仅限于: 下载1 ...

写在前面高通量测序技术普及,大量物种基因组被测序.组装质量逐步提高,但基因结构注释的质量则一如既往的让人担心.错误的基因结构注释,可能会使得你得到错误的结果.比如: 不准确的基因结构注释,使得编码蛋 ...

写在前面早晨,一个老朋友(也是 TBtools 的老用户)与我联系,大体是问了我一个事情gbff转gff3是否可以用TBtools?答案当然是可以,但我不建议.主要原因有二: 使用gbff,往往是基 ...

相信很多圈子内的人越来越深刻意识到,受疫情的影响私域流量成为当下最大的风口.各品牌对于私域流量的认同感越来越高,都想在自己的营销圈层内搭建私域团队,实现品牌营销的升级转型.那么,如何搭建一支精细化私域 ...

量化交易是一种由计算机在交易阶段自动完成的投资.把人的投资理念规范化.量化和建模,从而形成一套商业理念,并通过历史数据进行分析和验证. 一个好的交易机器人可以帮助我们在市场上保持领先地位,交易所之间的 ...

用JBrowse搭建基因组浏览器