什么，你的转录组测序数据样本量不够？ / 开普饭

在本项研究中,作者下载TCGA结直肠癌(CRC)数据作为训练集,GEO数据库(GSE40967,GSE12945,GSE17536,GSE17537)作为验证集.从分子特征数据库中选择上皮间质转化相关 ...

前段时间,我们对于批次效应有关的东西进行了一些介绍.其中包括 [[批次效应]] [[批次效应去除工具]] 对于经常使用的TCGA数据库而言,同样也有批次效应存在.对于这样的批次,在公布之前也经过一定的 ...

对于研究cancer相关的小伙伴们,相信你们在看文献的过程中,经常可以看到有些作者利用TCGA数据库里的数据进行分析.整合,得到很多有意思的思路.那么TCGA数据库是个啥?里面有写什么东西?我也很好奇 ...

Heterogeneity of MSI-H gastric cancer identifies a subtype with worse survival通过MSI-H胃癌的异质性识别生存期较差的亚 ...

Front Genet (IF:3.517)杂志上的一篇文章"Identification of Platform-Independent Diagnostic Biomarker Pane ...

Clinical significance and inflammatory landscapes of a novel recurrence associated immune signature ...

导语今天和大家分享的是2020年10月份发表在Theranostic杂志(IF=8.579)的一篇文章"A panel of eight microRNAs is a good predi ...

导语今天和大家分享的是2020年7月份发表在Briefings in Bioinformatics杂志上的一篇文章"Computational recognition of LncRNA ...

推荐:江舜尧编译:多儿编辑:马莉费城儿童医院学者Kai Tan等人于2019年5月7日在<Genome Biology>上发表题目为<SCRABBLE: single-cell ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 DDBJ(DNA Data Bank of Japan)是与NCBI的GenBank,EMBL的EBI数据库齐名的世 ...

以前生信技能树发过这个教程: RNA-seq 检测变异之 GATK 最佳实践流程第一次对参考基因组建索引然后进行第一次序列比对之后根据第一次比对得到的所有剪切位点,重新对参考基因组建立索引再进 ...

是时候把生信技能树的舞台交给后辈! 粉丝来稿作者:黑川五郎写在前面单细胞转录组以10X公司为主流,单细胞天地公众号详细介绍了cellranger流程,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一 ...

前面我们的明码标价之普通转录组上游分析,受到了各大热心粉丝的吐槽,觉得太简单了我们居然还好意思收费. 额,其实呢,这些粉丝应该是"饱汉不知饿汉饥",其实数据分析这个技能啊,难者不会 ...

你还认为普通转录组测序没有用吗? 最近看到群里有小伙伴在讨论一个数据集 GSE140275 ,我发现它这个简单转录组测序数据发两篇sci,是关于 acute ischemic stroke 这个疾 ...

最近读到发表在nature medicine杂志的文章<Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial t ...

冷知识:其实一个10X单细胞转录组样品可以有多达84个fastq文件哦! 我们在单细胞天地多次分享过cellranger流程的笔记,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一)数据下载单细胞实战( ...

现在发布一个优秀学员根据我的视频教程写的10个笔记,连载,希望可以从某种程度上面帮助你更好的学习我的7个小时34集的单细胞转录组数据处理视频.当然了,如果你确实没有时间学习数据处理细节,也可以委托生信 ...

什么，你的转录组测序数据样本量不够？