用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲 / 开普饭

1.3-Acetyl-β-boswellic acid物理参数:常用名3 -乙酰基-β乳香酸英文名3-Acetyl-β-boswellic acidCAS号5968-70-7分子量498.737密度1 ...

下面是MeRIP-seq 图表复现笔记在上一期:m6A图文复现02-数据下载和质控中我们得到了cleandata,接下来是要比对到参考基因上进行比对过程的分析.一般来说,在比对之前,我们可以选择先 ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

1.6,11-Dihydrothiochromeno[4,3-b]indole物理参数:常用名PD146176英文名6,11-Dihydrothiochromeno[4,3-b]indoleCAS号4 ...

由于个体小.温顺.容易饲养,具有和人类相似的发育过程和组织解剖结构等特点,最早从 17 世纪小鼠就开始被用于解剖学和动物实验.经长期人工饲养选择培育,现已育成千余个独立的远交群和近交系,小鼠已成为解析 ...

一日一条命令-kneaddata 写在前面 kneaddata是一分结合质控和去除宿主的过程,集合了两个软件Trimmomatic和 Bowtie2,Trimmomatic作为质控软件应用的非常多,但 ...

希望所有学员都可以站在生信技能树的舞台上发光发热! 下面是2020生信入门班学员的随机投稿因为平时做单细胞比较多..突然想试试自己还会不会常规转录组的上游分析..记忆一下各个软件的使用流程也是不错的 ...

使用bioconductor注释包如果该芯片平台有对应的bioconductor注释包,只有约90个常用的芯片有! 比如: library(hgu133a.db) ids=toTable(hgu13 ...

这个我非常喜欢,目录如下: 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-NCBI下载对应关系 gene的各种ID转换终结者-biocond ...

昨天发布了 GEO数据库中国区镜像横空出世,粉丝们都很happy,因为确实解决了他们的一个拦路虎,以后下载GEO数据再也不用去网吧了.然后开始接近粉丝们的第二个需求,就是探针的ID注释问题.这是一个系 ...

整合全部表达芯片平台的soft文件并且提取基因symbol和探针对应关系前面我们提到过表达芯片探针注释的3种方法,参见:第一个万能芯片探针ID注释平台R包, 并且帮助大家搞定了第一种biocondu ...

下载全部表达芯片平台的探针的碱基序列自主注释到基因ID 前面我们提到过表达芯片探针注释的3种方法,参见:第一个万能芯片探针ID注释平台R包, 并且帮助大家搞定了第一种bioconductor包的方法, ...

第一次是:TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案第二次是:(重磅!价值一千元的R代码送给你)芯片探针序列的基因组注释其中第二个教程是纯粹的R代码技巧,怕粉丝看不懂,我 ...

最近在答疑群里收到一个很经典的提问,就是: 请问各位老师,GPL570芯片中应该有部分基因是LncRNA,能否通过基因重注释的方式把有意义的LncRNA筛选出来呢?R语言能否实现呢? 而且学生特别的好 ...

GEO数据库中 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 存储着大量的来源于各种平台(Platforms)的数据: 基于Technology,又可分为以下几大类: 芯片主要以 ...

本文由微科盟阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 举例介绍如何用R语言gggenes函数包把基因预测得到的gff或gtf文件(含基因位置信息)中的基因类型.位置可视化 ...

学习使用genefu这个包,首先需要安装它!source("http://bioconductor.org/biocLite.R")options(BioC_mirror=&quo ...

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