ddseq单细胞转录组数据上游处理-2-云平台illumina能一家独大吗 / 开普饭

了解Illumina工作流程,查看边合成边测序(SBS)技术的三维细节图.从样本制备到簇生成,再到使用专有的SBS流程在系统流动槽上进行测序,最后通过BaseSpace® Sequence Hub开展 ...

本系列想详细的梳理NGS数据分析中常用的几种数据格式,目前打算见下图: 正文分割线 FASTQ和FASTA是存储DNA序列及对应质量信息最常使用的文本文件,本文介绍Illumina平台下机数据FAST ...

Cell Ranger是一个10X genomics公司的单细胞分析软件,将原始的fastq文件生成后续分析的feature-barcode表达矩阵.其中包括很多模块,本次主要介绍cellranger ...

导语今天和大家分享的是2020年1月份发表在SCIENTIFIC DATA杂志上的一篇文章(IF=5.929)"Single-cell RNA sequencing of human ki ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读本系列的上一篇推文,即"开篇"中已经描述了宏基因组研究的基本思路和方法.先回顾一下,首先是收集样 ...

下游分析其实跟产生单细胞转录组测序数据的protocol关系不大,反正都是表达矩阵,但是上游分析的表达矩阵如何获得,这个问题就很大程度上依赖于所采取的单细胞转录组技术了,是否使用spike-in,是否 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

背景介绍聚类之前必须要对表达矩阵进行normalization,而且要去除一些批次效应等外部因素.通过对表达矩阵的聚类,可以把细胞群体分成不同的状态,解释为什么会有不同的群体.不过从计算的角度来说, ...

使用CPM去除文库大小影响之所以需要normalization,就是因为测序的各个细胞样品的总量不一样,所以测序数据量不一样,就是文库大小不同,这个因素是肯定需要去除.最简单的就是counts pe ...

背景介绍如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现. 对单细胞测序数据 ...

挑选到的跟feature相关的基因集,有点类似于在某些组间差异表达的基因集,都需要后续功能注释. 背景介绍单细胞转录组测序的确可以一次性对所有细胞都检测到上千个基因的表达,但是,大多数情况下,只有其 ...

栏目起源逆向收费读文献社群(2018-01-07) 逆向收费读文献社群 (2018-06-09) 逆向收费读文献社群(第二年通知)(2019-01-26) 大概有50人加入吧,成功坚持下来的朋友们累 ...

都介绍到单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较部分了,10讲就告一段落了,大家可以回看仔细品读.后面的分析其实都是个性化的了,取决于课题设计,假说,生物学背景知识,而且需要学习大量的R包. 既然是个性 ...

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