多分组差异分析续集 / 开普饭

相信很多小伙伴刚开始读文献的时候都会遇到这种情况:那些花花绿绿的好高级啊!那些线条好别致啊!这一坨坨黑色的没有什么不一样啊! 识图能力停留在只会看高中函数图象的自己,除了看热闹,完全不知道这一幅幅图代 ...

GEO虽是一个宝库,但是使用GEO进行数据分析可不是一件简单的事! 首先,GEO的数据检索非常不方便,例如,我想获取有预后信息的乳腺癌数据,显然使用GEO官方检索起来很难. 其次,GEO大部分数据都基 ...

之前在介绍GEO数据库数据分析的时候,我们介绍过GEO2R这个在线的分析GEO芯片数据的工具.但是对于GEO里面的一些二代测序的数据,就没办法进行分析了.最近新发布了一个在线的数据库eVITTA,则可 ...

GEO2R是GEO在线分析工具,基于此工具可以对部分GEO样品数据进行基因差异表达分析.该工具主要针对芯片数据,借助R 及Limma包完成分析过程,用户只需要在网业上进行简单的点击等手动操作即可获得分 ...

前两天我们对GEO数据库来了一个大致的介绍GEO数据集详细介绍GEO数据库介绍 (一).我们对于目标数据集,我们做的第一个事情就是差异分析,来寻找有差异的结果.所有的表达芯片做的差异表达分析都 ...

对于基因表达而言,如果是常规的数据分析的话,目前网上已经有很多的工具可以来进行分析了.之前我们介绍的NetworkAnalyst就是这个类型的.这类的工具,彼此之间的区别也就是在于功能的多少.今天就 ...

通过前面的讲解,我们顺利的了解了GEO数据库以及如何下载其数据,得到我们想要的表达矩阵,也成功的使用了GSEA这个分析套路. 历史目录: 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一 ...

我们阅读量破万的综述:RNA-seq这十年(3万字长文综述) 给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战,所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题,上一期: 箱线图的生物学含义这一讲我们来说一下lim ...

大家学习到的我以前的教程,通常是两个组的样本进行差异分析,然后走标准分析流程,火山图,热图,GO/KEGG数据库注释等等.表达芯片数据处理教程,早在2016年我就系统性整理了发布在生信菜鸟团博客:ht ...

前面我们的学徒作业:学徒任务-探索DNA甲基化的组织特异性,大家完成的不多,可能是甲基化芯片数据处理对大家来说不紧急也不必须吧.不过最近刷文献看到了,另外一个策略,可以做多分组的甲基化差异分析,而不是 ...

总是有粉丝询问多个分组的两两之间差异分析如何弄这样的问题,其实"师傅领进门,修行在个人",我们讲解了方法并且给予的全部的学习资源,理论上后续应该是大家各凭本事,做好自己的科研. l ...

通常情况下,我们是做正常组和对照组差异分析,或者药物处理前后,这样的分组都是超级简单的. 如果加入药物加上浓度,梯度会稍微复杂一点.比如针对cisplatin这个药物的数据集:https://www. ...

写在前面今天是2020年10月6日,这几天都很忙碌,许多批次的数据需要再次分析和进一步分析,许多材料需要赶出来,百忙之中还有几位同学的婚礼,确实非南京很难到场,这里祝愿这几位百年好合,早生贵子.国庆 ...

不好意思,上篇文章刚发布发现有点小小的问题, 下面详细补充说明一下. 两个贝壳花相连的地方,上篇文章的图解给漏了,没画, 熟练的织女可能没问题, 但我担心新手钩到这里不明所以, 因为微信号文章公布了没 ...

荷兰插画家Redmer Hoekstra的奇思妙想素描画,巧妙发挥创意,在原有的物体上结合新的物种与形态.创意素描讲究创意的合理性与巧妙性,两者搭配会让人产生惊喜的感受! .............. ...

多分组差异分析续集