【基因组注释】同源注释比对软件tblastn、gamp和exonerate比较 / 开普饭

写在前面这两天有看到几个用户朋友在生信札记讨论群中讨论了基因结构图的绘制.看到其他用户一直推荐 GSDS,我便也没有作声,毕竟 GSDS 确实是很优秀的网页软件.而现实情况是,近期 GSDS 网站无 ...

写在前面伴随着越来越多的全基因组序列公布,比较基因组分析已然常规生信数据分析技能.MCScan 是最为常用的软件之一.久前,TBtools 已经将该软件打包,同时开放了一键化流程.用户只需要输入四个 ...

写在前面这大半个月我都在医院待着,确实无法做太多事情,于是选择看一些文献.选择的是目前开发最完善,且可以说是在IGV-GSAme[之前我改造的IGV版本]出现之前的唯一一款基因结构注释人工矫正软件- ...

全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序. 1986年, Renato Dulbecco是最早提出人类基因组测序的科学家之一.他认为如果能够知道所有人类基因的序列,对癌症的研究将会很有 ...

写在前面 Mapman 是一款为植物通路分析专门设计的界面化软件,发表于2004年,其后不断更新,直到今日.我们也常常能在近期发表的一些文章中看到 Mapman 输出图稿的身影.在几年前,我写了系列 ...

使用bioconductor注释包如果该芯片平台有对应的bioconductor注释包,只有约90个常用的芯片有! 比如: library(hgu133a.db) ids=toTable(hgu13 ...

写在前面开学两周了,学校也没有什么人,想起来还有一份教程还没有兑现得大家,就将这部分完成,代码 + 数据一起送给大家. 欢迎大家留言打卡学习.最近在学习csvtk工具,十分强大,也是好东西. 早在 ...

本文由Bayegy根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读所谓宏基因组学 (或元基因组学, metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象 ...

写在前面类似的主题,我们已经推出了一篇主题为<一键完成共线性(MCScanX)分析>的文章.推出之后一部分人用着挺好.也有相当部分朋友却不知为何遇到各种各样的问题.这些问题,源于输入文件 ...

[toc] 写在前面 kraken基于mini数据库.并且这个序列也比较少,所以,很快就能完成继续处理胶水操作:提取序列名称 zcat ./trimmomatic/SUBERR793599_for ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

写在前面目前,有大量物种的基因组序列和注释信息公布.几乎所有科研人员都可以下载并使用这些数据,分析和验证自己的科研假设.常常,我们会遇到一些小问题,比如基因组序列文件中包含了大量无法锚定到染色体的片 ...

撰文:周晗中南大学审稿:刘永鑫中科院遗传发育所 (宏)基因组学是测序研究生物功能的新领域.如今测序技术一直在进步,成本也大幅下降,数据在大量增加,但数据分析是非常耗时的,并且(宏)基因组注释涉及 ...

为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

简介 kraken是基于k-mer精确比对,并采用最LCA投票结果快速宏基因组DNA序列进行物种注释的软件. 图. Kraken2分类基本原理该文章于2014年发表于Genome Biology,目 ...

[TOC] 写在前面这是对宏基因组提取扩增子序列16S分析的第二部分,这部分将核糖体RNA基因组装后进行分析.上一节我们使用了 bbmap提取了核糖体序列,但是单纯用于ASV的方法聚类是不行的,以为 ...

全部样本全部样本混合拼装 mkdir ./assemblyall/ megahit --continue --out-dir ./assemblyall/megahit/ -m 0.9 -t 6 - ...

写在前面: 跟着science学习宏基因组终于迎来了第一批的结果,今天的MEGAN是一个比较好的注释流程,一体化注释数据库社区版本可以做很多数据库注释.基于这套流程,我们做了数据清洗,值得注意的是这套 ...

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